În cel de-al şaselea sezon, Clark Kent şi Lex Luthor devin duşmani de moarte. Clark trebuie să găsească o cale de scăpare din Phantom Zone. Aruncat într-o închisoare din kriptonită creată de Jor-El, Clark se trezeşte fără puteri şi înconjurat de criminali care caută răzbunare. Clark reuşeşte să scape, dar o dată cu el evadează şi criminalii.

Pentru că se simte responsabil pentru moartea tatălui său, Clark nu reuşeşte să se obişnuiască cu pierderea acestuia, iar Martha, mama lui, începe să aibă sentimente tot mai puternice pentru Lionel Luthor. Lana se simte în continuare trădată de Clark şi îşi găseşte consolarea în Lex. În plus, în oraş apare un nou miliardar, Oliver Queen, sau Green Arrow, care deşi nu are super-puteri, este un arcaş desăvârşit. Când Oliver descoperă super-puterile lui Clark, încearcă să-l convingă pe acesta să se alăture unei ligi de super-eroi.